Žeimenos skyriaus paskirtis — sudaryti tinkamas ugdymosi ir socializacijos sąlygas elgesio ir emocijų sutrikimų turintiems vaikams, teikiant jiems švietimo pagalbos, sveikatos priežiūros bei socialines paslaugas, siekiant ugdyti jų bendrąsias ir esmines dalykines kompetencijas, sveikatos tausojimo ir gyvenimo įgūdžius, ir padėti jiems prisitaikyti aplinkoje, kurioje jie nuolat gyvens ir ugdysis, grįžę iš Žeimenos skyriaus.
Žeimenos skyriuje ugdomi didelių specialiųjų ugdymosi poreikių turintys mokiniai pagal pritaikytas pagrindinio ugdymo bendrąsias programas (5-8 kl.).
Ugdymosi trukmė du metai. Patekti į skyrių didelių specialiųjų ugdymosi poreikių turintiems mokiniams yra būtinas gydytojo psichiatro siuntimas.